Zum Aufgabenbereich des Institutes gehören:

• Histologie (Befundung von Gewebeschnitten inklusive intraoperativer Schnellschnitte)
• Zytologie (Befundung von Zellmaterial aus Gewebe und Körperflüssigkeiten)
• Mikrobiologie (Anzucht und Resistenzbestimmung von Bakterien)
• Serologie (Nachweis von Antikörpern und Antigenen im Blut)
• Molekularpathologie (direkter Nachweis von Krankheitserregern in Körperflüssigkeiten und Gewebe, Mutationsanalysen bes. in Tumoren)
• Obduktionen (ca. 5 Prozent der Arbeitsleistung)

Aufgabe der Fachärztinnen und Fachärzte ist außerdem die Aufrechterhaltung und Pflege des Kontaktes zu den zuweisenden ÄrztInnen des Salzkammergut-Klinikums, aber auch mit den zahlreichen einsendenden niedergelassenen ÄrztInnen, die Durchführung von Befundbesprechungen mit den ZuweiserInnen, die Therapieberatung im Rahmen solcher Besprechungen sowie die Durchführung bzw. Beteiligung an klinisch-pathologischen Konferenzen.